三九天灸疗法可用于内、外、妇、儿、皮肤、五官等各科病症，如慢性支气管炎、支气管哮喘、过敏性鼻炎、体虚感冒咳嗽，虚寒头痛、消化不良、消化道溃疡、慢性腹泻、风湿与类风湿性关节炎、肩周炎、膝关节骨性关节炎等，其适应症十分广泛。因为本法是药物仅施于体表，直达病所，避免了内服药物有机会产生的不良影响；且能随时观察病情反应，疗效的好坏也易于分辨。因此，三九天灸的危险性和毒副作用是相对较小的，亦较安全可靠。
 
此法疗效的好坏与穴位的选取存在着密切关系：一方面，由于人体体表的不同部位角质层厚薄不一，故其对药物的吸收程度就不同，而与人体别处的皮肤相比，穴位处的皮肤阻抗力低、电容大、电位高，有利于药物透皮吸收。另一方面，准确的穴位定位也是至关重要的。
 
由于人体免疫机能的改变有一段的进程，因此在取得即时疗效的基础上，应该进一步加强巩固疗效，防止其复发，而且随着疗程的增长，患者角质层逐渐变薄、药物疗效的累积，疗效往往会提高。因此，接受天灸治疗应坚持一定的疗程，往往需要连续施灸3-4年，只有经过耐心、持续的治疗，才能取得良好的疗效。

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