三九天灸療法可用於內、外、婦、兒、皮膚、五官等各科病症，如慢性支氣管炎、支氣管哮喘、過敏性鼻炎、體虛感冒咳嗽，虛寒頭痛、消化不良、消化道潰瘍、慢性腹瀉、風濕與類風濕性關節炎、肩周炎、膝關節骨性關節炎等，其適應症十分廣泛。因為本法是藥物僅施於體表，直達病所，避免了內服藥物有機會產生的不良影響；且能隨時觀察病情反應，療效的好壞也易於分辨。因此，三九天灸的危險性和毒副作用是相對較小的，亦較安全可靠。

此法療效的好壞與穴位的選取存在著密切關係：一方面，由於人體體表的不同部位角質層厚薄不一，故其對藥物的吸收程度就不同，而與人體別處的皮膚相比，穴位處的皮膚阻抗力低、電容大、電位高，有利於藥物透皮吸收。另一方面，準確的穴位定位也是至關重要的。

由於人體免疫機能的改變有一段的進程，因此在取得即時療效的基礎上，應該進一步加強鞏固療效，防止其復發，而且隨著療程的增長，患者角質層逐漸變薄、藥物療效的累積，療效往往會提高。因此，接受天灸治療應堅持一定的療程，往往需要連續施灸3-4年，只有經過耐心、持續的治療，才能取得良好的療效。

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